Vyrůstal v Praze na Vinohradech. V letech 1984–1990 absolvoval Filozofickou fakultu Univerzity Karlovy, obor čeština – francouzština. Ve studiu v roce 1990 a 1991 pokračoval na Centre International de Formation Chrétienne ve Švýcarsku, kde se zabýval problematikou migrace. Mezi lety 1998–1999 absolvoval vysokou školu Ecole Nationale d’Administration (ENA) se sídlem v Paříži a Štrasburku, určenou pro vysoké státní úředníky. O tři roky později na ENA studoval i současný francouzský prezident Emanuel Macron.
V osmnácti letech nastoupil do pražského závodu Geofyzika Brno jako dělník geofyzikálního průzkumu. V rámci civilní služby v letech 1991–1993 pracoval na pražském arcibiskupství. Mezi lety 1993–1995 působil jako zástupce ředitele pražského Institutu komunikace. Během prezidentství Václava Havla pracoval v Kanceláři prezidenta republiky, nejprve jako tiskový specialista (1995–1997), později jako vedoucí tiskového odboru (1997–1998) a v letech 1999–2003 jako ředitel politického odboru. Od roku 2003 až do roku 2010 zastával funkci českého velvyslance ve Francii a Monaku.
V letech 2010–2013 působil jako vrchní ředitel sekce bezpečnostně-multilaterální na Ministerstvu zahraničních věcí ČR. Kvůli zhoršenému zdravotnímu stavu nejstaršího syna z pozice odešel. V období 2014–2017 spolupracoval s nevládními sdruženími a s českými firmami při exportu do Francie v oblasti městské dopravy a digitální ekonomiky. Byl poradcem náčelníka Generálního štábu Armády ČR pro zahraniční politiku (2016) a poradcem ministra kultury ČR pro oblast zahraniční politiky (2016–2017). V letech 2015–2017 zastával pozici ředitele Ústavu empirických výzkumů STEM.
V prezidentské volbě v roce 2018 se umístil na třetím místě se ziskem 526 694 hlasů (10,23 %).
Ve volbách do Senátu Parlamentu ČR v říjnu 2018 byl zvolen senátorem ve volebním obvodu č. 17 v Praze. Třikrát byl zvolený předsedou Výboru pro zahraniční věci, obranu a bezpečnost.
V prezidentské volbě v roce 2023 se umístil na čtvrtém místě se ziskem 376 705 hlasů (6,75 %).
V období 1999–2003 byl předsedou správní rady Nadace Forum 2000, později zde působil v dozorčí radě a programovém výboru. Od roku 1999 je předsedou Sdružení bývalých českých studentů E.N.A. Je členem správní rady organizace SIRIRI pro vzdělávací programy ve Středoafrické republice.
Je nositelem monackého Řádu svatého Karla (2009) a francouzského Řádu čestné legie (2010).
Manželka Klára Fischerová pracuje v domácím hospici Cesta domů a je zakladatelkou nadačního fondu Loďka, zaměřeného na zlepšení podmínek dětské paliativní péče v nemocnicích. Společně vychovali čtyři děti, nejstarší Vojtěch od narození čelil těžkému postižení, kterému v roce 2013 podlehl. Barbora, Benedikt a Markéta studují na vysokých školách.
Hovoří plynně francouzsky a anglicky. Domluví se německy, rusky a katalánsky.
V Rakousku vyhrála parlamentní volby strana Svobodných (FPÖ), která vyjadřuje sympatie k Moskvě a zpochybňuje pomoc Ukrajině. Podobně mluví i politici v Maďarsku nebo na Slovensku. „Jestli je někdo skutečně vlastenec, musí se postavit ke své vlajce a spolupracovat s těmi, kteří ctí vládu práva a mezinárodní pravidla,“ zdůrazňuje Pavel Fischer.
Pavel Fischer už v prvním kole obhájil senátní mandát. V senátním obvodu Praha 12 získal 53,63 procenta hlasů. Do Senátu se dostal jako nezávislý poprvé v roce 2018, specializuje se na zahraniční věci a bezpečnost. Letos kandidoval s podporou TOP 09. Radiožurnálu řekl, že podobným tématům s důrazem na obranyschopnost by se chtěl věnovat nadále.
Senátor Pavel Fischer, který letos opět kandiduje do senátu za TOP 09, v rozhovoru pro FinTag říká, že pro Ukrajinu “musíme dělat víc”. Rovněž vyvrací informace o tom, že česká muniční iniciativa je předražená a netransparentní.
Při vzpomínce událostí srpna 1968 a pod heslem „Senát jako barikáda proti okupantům z Kremlu“ představila TOP 09 pětici osobností, které o podzimních volbách vyšle do horní komory Parlamentu České republiky. Spojení kandidátů s výročím okupace bylo víc než symbolické.
TOP 09 představila další své dva kandidáty do letošních voleb do Senátu. Křeslo v horní komoře Parlamentu České republiky bude obhajovat dvojnásobný prezidentský kandidát a současný senátor Pavel Fischer, o hlasy voličů chce usilovat i pedagog a ředitel školy Jan Korda.
